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Identification aux groupes phylogénétiques de Bacillus cereus (sensu lato)

 

Pré-requis indispensables :
Vous devez avoir préalablement vérifié l'appartenance de cette souche au Groupe B. cereus (exemple : isolement et colonies caractéristiques sur milieu Mossel).
La séquence du gène panC peut alors être utilisée pour identifier le groupe phylogénétique au sein du Groupe B. cereus, selon la classification proposée par Guinebretière et al. (2008).

Les caractéristiques phénotypiques attribuées aux 7 groupes phylogénétiques de B. cereus peuvent être consultées en cliquant ici.

 

Identification du groupe phylogénétique par séquençage du gène panC
Séquence initiale de comparaison du gène : AACAAAC
Protocole de préparation de la séquence panC : veuillez cliquer ici

La séquence du gène est comparée à celles présentes dans la base de données du centre INRA - UMR 408.
L'algorithme d'alignement de séquence est présenté ici

Contact : M.-H. Guinebretière


Comment saisir les séquences?